東琉線交通客船聯營處「115年11月起」乘船時刻表。預設顯示平日班次；週六、週日及國定假日自動切換為含「例假日機動加開」的班次。
機動加開與連續假日 時刻表把東港08:00、14:00及小琉球13:00、17:00標為「例假日機動加開」，並註明例假日及連續假日會機動加開。常見問題說明人潮多時現場會再加開，加開班次視現場狀況與人數而定，開船時間可能與表訂不同；當下客滿時也會提早開船。
鹽埔漁港的東琉線船班 同一張時刻表另列鹽埔往小琉球07:30，以及小琉球經鹽埔往東港16:30，印在「例假日&連續假日採機動加開」字樣下方。鹽埔是另一個上船地點，這兩班不列入本頁班次表。鹽埔聯絡電話08-8325113。
其他航運業者 屏東縣政府列出的小琉球交通船，除東琉線外還有泰富航運、藍白航運，以及由鹽埔漁港開往大福漁港的大福鹽琉線。聯營處的船票只能搭聯營處船隻，其他業者的班次、票價與上船地點請看各業者公告。
海象與停航 是否開航由聯營處依海象自行評估，不一定與其他業者同步停駛。出發前可打東港站08-8325806或琉球站08-8612382確認。
地圖 – 東港—小琉球交通船
| 票種 | 票價 |
|---|---|
| 全票單程（滿12歲） | NT$250 |
| 全票來回（滿12歲） | NT$450 |
| 全票單程，搭翔信輪 | NT$300 |
| 半票來回（滿3歲到未滿12歲） | NT$225 |
| 保險票單程（未滿3歲） | NT$30 |
| 保險票來回（未滿3歲） | NT$60 |
| 自行車單程（現場購票） | NT$50 |
| 自行車來回（現場購票） | NT$100 |
| 白牌機車托運單程 | NT$200 |
| 黃牌機車托運單程 | NT$500 |
| 紅牌機車托運單程 | NT$600 |
票價依聯營處網站票價表。船票為當日票，當天可搭聯營處任一班船，但不能搭其他航運公司的船；沒有劃位，取票後依序排隊上船。全票為滿12歲以上；半票票價表限滿3歲到未滿12歲兒童，常見問題另寫65歲以上長者，以及身心障礙者和一名陪同者也可買半票，須臨櫃出示證件。票價表上的單程半票標示為「成人票」，與票種不符，本頁不列。未滿3歲的保險票當天帶健保卡或戶口名簿到售票窗口買。機車托運在登船碼頭現場付現。大型露營推車、潛水硬殼行李箱、水中推進器每件另收50元。 票價皆以新台幣（NT$）計。
從東港到小琉球的交通船，本頁以東琉線交通客船聯營處的船班為準。聯營處由光輝、群益、飛馬、翔信、誠翔、東昇六艘船輪流排班，乘客在東港朝隆路的第一碼頭上船，到小琉球白沙觀光港下船；聯營處的常見問題寫明，琉球端只停白沙，不停大福漁港。船程約15至25分鐘，實際要看當天風浪。
聯營處「115年11月起」的時刻表，平日東港開往小琉球8班，首班07:00、末班16:30；小琉球回東港也是8班，首班07:40、末班17:15。時刻表另把去程08:00、14:00和回程13:00、17:00標成「例假日機動加開」，本頁在週六、週日及國定假日列出這幾班。連續假日人多時現場還會再加開，加開的船不一定照表訂時間開。
全票（滿12歲）單程250元、來回450元，排到翔信輪的單程全票則是300元。滿3歲到未滿12歲兒童的來回半票225元；未滿3歲要買保險票，單程30元、來回60元，搭船當天帶健保卡或戶口名簿到窗口購買。常見問題另寫65歲以上長者，以及身心障礙者和一名陪同者也能買半票，要臨櫃出示證件。船票是當日票，當天聯營處哪一班都能搭，但不能搭別家公司的船；船上沒有劃位，取票後依序排隊上船。
配合交通部航港局的搭船實名制，買票、登船都要出示身分證件，兒童可用沒有照片的健保卡，證件和訂票資料不符可能無法登船。東港站櫃檯早上6:30開始取票，聯營處建議提早30分鐘到現場排隊。
交通船不載汽車。機車可以托運，白牌單程200元、黃牌500元、紅牌600元，在碼頭現場付現，不過甲板會先運島上物資，名額有限；自行車票只在機車入口現場賣，單程50元、來回100元。東港還有泰富、藍白等業者開往小琉球，鹽埔漁港則有大福鹽琉線，各家船票與時刻表分開。是否開航由聯營處依海象決定，出發前可打東港站08-8325806確認。
- 請在開船前提早抵達碼頭；部分航線須事先購票，或在開船前一段時間即停止報到。
- 出發當天請留意船公司公告：風浪、颱風或東北季風可能使船班停航或調整。
- 購票方式與可用的電子票證依航線而不同，部分航線的優待票須出示證明。